在处理公司以“不能胜任工作”为由辞退员工的问题时，以下特殊情况或例外情形可能影响处理结果：
1. 员工处于医疗期或孕期、产期、哺乳期等特殊时期：若员工因患病或非因工负伤处于医疗期内，或处于孕期、产期、哺乳期等法定特殊保护时期，即便公司能证明员工不能胜任工作，也不能直接辞退，需待特殊时期结束后依法处理，否则可能构成违法辞退。
2. 公司规章制度中未明确“不能胜任工作”的标准：若公司规章制度未明确界定“不能胜任工作”的具体情形和考核标准，或该标准不具合理性、客观性，公司以“不能胜任工作”为由辞退员工时，可能因缺乏合法依据被认定为违法解除，影响赔偿结果。
3. 员工拒绝参加培训或接受岗位调整：若公司依法安排员工参加培训或调整岗位，员工无正当理由拒绝，公司需书面记录其拒绝行为并保留证据。若员工拒绝后仍不能胜任工作，公司可依法辞退并支付经济补偿金；但若公司未保留相关证据，可能仍面临违法辞退的风险。
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公司以“不能胜任工作”为由辞退员工，可能存在以下法律风险点：
1. 证据链不充分的风险：若公司无法提供员工不能胜任工作的具体证据（如客观的绩效考核标准、员工未达标的考核记录等），辞退行为可能被认定为违法。例如，公司仅口头称员工“工作做得不好”，却未提供书面绩效考核结果或其他有效证据，员工申请仲裁后，公司可能因证据不足被判支付赔偿金。
2. 未履行培训或调岗程序的风险：根据法律规定，公司以“不能胜任工作”为由辞退员工前，必须先对员工进行培训或调整工作岗位。若公司未履行该程序直接辞退，即构成违法解除劳动合同。例如，公司发现员工业绩未达标，未安排任何培训或调岗，直接发出辞退通知，员工可主张公司违法辞退，要求支付赔偿金。
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公司以“不能胜任工作”为由辞退员工是否有赔偿，需结合具体情况判断。以下从不同情形为你详细分析：
1. 若员工处于试用期，且公司能证明其不符合录用条件，无需赔偿；但仅以“不能胜任工作”为由直接辞退，未经过培训或调岗的，属于违法辞退，需支付赔偿金。
2. 若员工已过试用期，公司以“不能胜任工作”为由辞退，但未先对员工进行培训或调整工作岗位，直接解除劳动合同的，属于违法解除，应支付赔偿金（经济补偿标准的二倍）。
3. 若员工已过试用期，公司证明员工不能胜任工作，且已对其进行培训或调整岗位，之后仍不能胜任工作，此时依法辞退需支付经济补偿金（每工作一年支付一个月工资）。
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公司以“不能胜任工作”为由辞退员工的赔偿问题，《中华人民共和国劳动合同法》中有明确规定。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条（2012年修正）规定：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的。”同时，该法第四十七条规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。”结合问题，若公司未经过培训或调岗程序直接以“不能胜任工作”辞退员工，违反第四十条规定，构成违法解除，需按第八十七条支付赔偿金（经济补偿的二倍）；若履行了培训或调岗程序后仍不能胜任工作而辞退，则需按第四十七条支付经济补偿金。

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